Алименты (а именно сумма постоянных лекарственных расходов)на ребенка-инвалида от бывшего супруга были назначены 8 лет назад и приравнены к МРОТ (в надежде на их индексацию), но бухгалтерия с места работы бывшего супруга все 8 лет считала их как 100 рублей.

Кто здесь прав и кто виноват, судья ли - он не написал что МРОТ с дальнейшей индексацией или это ошибка бухгалтерии?

В соответствии со ст. 86 СК РФ при наличии исключительных обстоятельств (тяжелой болезни, увечья несовершеннолетних детей или нетрудоспособных совершеннолетних нуждающихся детей, необходимости оплаты постороннего ухода за ними и других обстоятельств) каждый из родителей может быть привлечен судом к участию в несении дополнительных расходов, вызванных этими обстоятельствами.
Порядок участия родителей в несении дополнительных расходов и размер этих расходов определяются судом исходя из материального и семейного положения родителей и детей и других заслуживающих внимания интересов сторон в твердой денежной сумме, подлежащей уплате ежемесячно.
В Вашем случае размер  ежемесячных выплат был определен, исходя из  размера минимальной заработной платы.
В соответствие со ст. 4 ФЗ № 82-ФЗ «О минимальном размере оплаты труда» от 19.06.2000 года (с изменениями, внесенными по 24.07.2009) размеры стипендий, пособий и других обязательных социальных выплат либо порядок их установления, выплата стипендий, пособий и других обязательных социальных выплат, размер которых в соответствии с законодательством Российской Федерации определяется в зависимости от минимального размера оплаты труда, производится  с 1 января 2001 года  по настоящее время, исходя из базовой суммы, равной 100 рублям.
Для изменения сумм ежемесячных выплат на лекарственные расходы Вам необходимо обратиться в суд   с заявлением об изменении ежемесячных выплат на лекарственные расходы  и попросить суд установить иной размер в твердой денежной сумме и  установить иной порядок индексации. Порядок индексации должен быть Вами обоснован (подтвержден).
Кроме того, в соответствие с п. 2 ст. 86 СК РФ Вы вправе обратиться в суд с иском о взыскании фактически понесенных дополнительных расходах, в частности на лекарственные средства.